Когда тебе пятнадцать и все кажется очень простым, тяжело думать об оценках, именно поэтому главный герой, Цукунэ Аоно, и не поступил в старшую школу. И теперь в отличие от своих друзей, Цукунэ был вынужден терять целый год, пока родителям парня на глаза не попалось приглашение в некую Призрачную Академию, куда поступают ученики с любыми знаниями. Счастью родителей не было предела, поэтому они собрали в дорогу свое чадо довольно быстро, да и сам Цукунэ не испытывал никаких подозрений, пока его поезд не выехал из тоннеля, где парня встретило багровое небо, странные люди и отсутствие какой-либо мобильной сети