Прошло 15 лет после загадочной катастрофы. Землю атакуют "Ангелы", загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять - роботы серии "Евангелион". Пилоты роботов обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации "NERV", возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Аска и Рей - пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих "Ангелов"...